# ========= [INFO] ==========
# Mut inCB: not accepter mutation in BC
# Mut inMS: 2
# ReadIn  : /env/gfs/Projects/yshen/21_SophieMS_Iseq100/Papier/Example/Example_II.1/Output/3_BAM_Fusion_min3ReadByGrp/10-N3-12cycles-IDT.unmapped.bam
# seq_deb : GTATGTG
# seq_fin : TATGG
# MS_seq : AC
# excl : G,T
# nom  : AC15
# =============================
#
#-------------- Filt ------------------
# condiGrep: GTAT.TG[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+.ATGG|GTAT.TG[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+T.TGG|GTAT.TG[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TA.GG|GTAT.TG[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TAT.G|GTAT.TG[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TATG.|GTATG.G[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+.ATGG|GTATG.G[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+T.TGG|GTATG.G[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TA.GG|GTATG.G[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TAT.G|GTATG.G[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TATG.|GTATGT.[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+.ATGG|GTATGT.[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+T.TGG|GTATGT.[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TA.GG|GTATGT.[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TAT.G|GTATGT.[ATCGN]+ACACACACAC[ATCGN]+TATG.
# condiGrep Rev-Compt: .CATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+.ACATAC|C.ATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+.ACATAC|CC.TA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+.ACATAC|CCA.A[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+.ACATAC|CCAT.[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+.ACATAC|.CATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+C.CATAC|C.ATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+C.CATAC|CC.TA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+C.CATAC|CCA.A[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+C.CATAC|CCAT.[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+C.CATAC|.CATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+CA.ATAC|C.ATA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+CA.ATAC|CC.TA[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+CA.ATAC|CCA.A[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+CA.ATAC|CCAT.[NCGAT]+GTGTGTGTGT[NCGAT]+CA.ATAC
#--------------------------------------
module load picard/2.8.2
> java -jar /env/gfs/apps/picard/2.8.2/picard.jar SortSam I=/env/gfs/Projects/yshen/21_SophieMS_Iseq100/Papier/Example/Example_II.1/Output/3_BAM_Fusion_min3ReadByGrp/10-N3-12cycles-IDT.AC15.unmapped.sam O=/env/gfs/Projects/yshen/21_SophieMS_Iseq100/Papier/Example/Example_II.1/Output/3_BAM_Fusion_min3ReadByGrp/10-N3-12cycles-IDT.AC15.unmapped.sort.sam SORT_ORDER=queryname 
# [Creat: /env/gfs/Projects/yshen/21_SophieMS_Iseq100/Papier/Example/Example_II.1/Output/3_BAM_Fusion_min3ReadByGrp/10-N3-12cycles-IDT.AC15.unmapped.bam ]
